Mars 1865. Aux États-Unis, pendant la guerre civile, cinq casse-cou des Nordistes fuient un ballon pris par les Sudistes de Richmond. Une terrible tempête jette quatre d'entre eux sur le rivage d'une île inhabitée de l'hémisphère sud. Le cinquième homme et son chien se cachent dans la mer au large de la côte. Ce cinquième - un certain Cyres Smith, ingénieur et scientifique talentueux, âme et chef d'un détachement de voyageurs - maintient involontairement ses compagnons en tension pendant plusieurs jours, qui ne trouvent nulle part ni lui ni le chien Top qui lui est consacré. L'ancien esclave souffre surtout et le serviteur désormais fidèle de Smith est le Negro Nab. Dans le ballon, il y avait aussi un journaliste de guerre et ami de Smith, Gideon Spilet, une personne très énergique et décisive avec un esprit bouillonnant; le marin Pencrof, un casse-cou bon enfant et aventureux; Harbert Brown, 15 ans, fils du capitaine du navire sur lequel Pencrof a navigué, est resté orphelin et pour qui le marin traite comme son propre fils. Après une recherche fatigante, Nab trouve enfin son hôte inexplicablement sauvé, à un mile de la côte. Chacun des nouveaux colons de l'île a des talents irremplaçables, et sous la direction de Cyres et Spilet, ces braves gens se rassemblent et deviennent une équipe unie. Tout d'abord, en utilisant les moyens les plus simples à leur disposition, puis en produisant des objets de travail et des articles ménagers de plus en plus complexes dans leurs propres petites usines, les colons équipent leur vie. Ils chassent, ramassent des plantes comestibles, des huîtres, puis élèvent même des animaux domestiques et pratiquent l'agriculture. Ils se logent haut dans la roche, dans une grotte débarrassée de l'eau. Bientôt, grâce à leur travail acharné et à leur intelligence, les colons ne connaissent plus le besoin de nourriture, de vêtements, de chaleur et de confort. Ils ont tout sauf des nouvelles de leur patrie, dont le sort les inquiète beaucoup.

Une fois de retour dans leur habitation, appelée par eux le Palais de Granit, ils voient que les singes se dirigent à l'intérieur. Après un certain temps, comme sous l'influence d'une folle peur, les singes commencent à sauter par les fenêtres et la main de quelqu'un jette l'échelle de corde que les singes ont soulevée dans la maison. À l'intérieur, les gens trouvent un autre singe - un orang-outan, qu'ils gardent et appellent l'oncle Jupe. À l'avenir, Jupe devient un ami, un serviteur et un assistant indispensable pour les gens.

Un autre jour, les colons trouvent dans le sable une boîte contenant des outils, des armes à feu, divers appareils, des vêtements, des ustensiles de cuisine et des livres en anglais. Les colons se demandent d'où pourrait provenir cette boîte. D'après la carte, qui est également apparue dans la boîte, ils trouvent qu'à côté de leur île, sur la carte non marquée, se trouve l'île de Tabor. Le marin Pencrof a hâte de le rejoindre. Avec l'aide de ses amis, il construit un bot. Lorsque le bot est prêt, tous ensemble ils partent pour un voyage d'essai autour de l'île. Pendant ce temps, ils trouvent une bouteille avec une note disant que le naufragé attend le salut sur l'île de Tabor. Cet événement renforce la confiance de Pencroff dans la visite d'une île voisine. Pencrof, le journaliste Gideon Spilet et Harbert ont mis les voiles. En arrivant à Tabor, ils découvrent une petite cabane où, selon toutes les indications, personne n'a vécu depuis longtemps. Ils se dispersent autour de l'île, n'espérant pas voir une personne vivante, et tentent de retrouver au moins ses restes. Soudain, ils entendent Harbert crier et se précipitent à son secours. Ils voient Harbert aux prises avec une sorte de créature de singe. Cependant, le singe se révèle être un homme sauvage. Les voyageurs le lient et le transportent sur leur île. Ils lui donnent une chambre séparée dans le palais de granit. Grâce à leur attention et à leurs préoccupations, le sauvage redevient rapidement un homme civilisé et leur raconte son histoire. Il s'avère que son nom est Ayrton, il est un ancien criminel, il voulait prendre possession du voilier Duncan et avec l'aide de la même lie de la société, il s'est transformé en bateau pirate. Cependant, ses plans n'étaient pas destinés à se réaliser, et comme punition il y a douze ans, il a été laissé sur l'île inhabitée de Tabor, afin qu'il puisse réaliser son action et expier son péché. Cependant, le propriétaire du "Duncan" Eduard Glenarvan a déclaré qu'un jour il reviendrait pour Ayrton. Les colons voient qu'Ayrton se repent sincèrement de ses péchés passés, et il essaie de leur être utile à tous égards. Par conséquent, ils ne sont pas enclins à le juger pour mauvaise conduite passée et à l'accepter volontairement dans leur société. Cependant, Ayrton a besoin de temps, et donc il demande une opportunité de vivre dans le corail que les colons ont construit pour leurs animaux domestiques à une certaine distance du Palais de granit.

Lorsque le bot est revenu à la tempête de l'île Tabor la nuit, il a été sauvé par un feu de joie qui, comme ils le pensaient, flottant dessus, a été allumé par leurs amis. Cependant, il s'avère qu'ils n'étaient pas impliqués dans cela. Il s'avère également qu'Ayrton n'a pas jeté une bouteille de note dans la mer. Les colons ne peuvent pas expliquer ces événements mystérieux. Ils sont de plus en plus enclins à l'idée qu'en plus d'eux, sur l'île de Lincoln, comme ils l'ont baptisé, il y a quelqu'un d'autre qui vit, leur mystérieux bienfaiteur, qui vient souvent à leur secours dans les situations les plus difficiles. Ils se lancent même dans une expédition de recherche dans l'espoir de localiser son lieu de résidence. Cependant, la recherche se termine en vain.

L'été suivant (car depuis le moment où Ayrton est apparu sur leur île, et avant qu'il ne leur raconte son histoire, cinq mois se sont déjà écoulés et l'été est terminé, et il est dangereux de naviguer pendant la saison froide), ils décident de revenir à Îles Tabor pour laisser une note dans la cabane. Dans la note, ils ont l'intention d'avertir le capitaine Glenarvan s'il revient qu'Ayrton et cinq autres victimes naufragées attendent de l'aide sur une île voisine.

Les colons vivent sur leur île depuis trois ans. Leur vie, leur économie ont atteint la prospérité. Ils récoltent déjà de riches récoltes de blé issues d'un seul grain, trouvé dans la poche de Harbert il y a trois ans, ont construit un moulin, élevé de la volaille, entièrement équipé leur logement, fabriqué de nouveaux vêtements chauds et des couvertures pour eux-mêmes à partir de laine de mouflon. Cependant, leur vie paisible est éclipsée par un incident qui les menace de mort. Une fois, regardant la mer, ils voient un navire bien équipé au loin, mais un drapeau noir flotte au-dessus du navire. Le navire jette l'ancre au large des côtes. Il montre de beaux canons à longue portée. Ayrton se faufile dans le navire sous le couvert de la nuit pour effectuer des reconnaissances. Il s'avère qu'il y a cinquante pirates sur le navire. S'échappant miraculeusement d'eux, Ayrton revient sur le rivage et informe ses amis qu'ils doivent se préparer pour la bataille. Le lendemain matin, deux bateaux descendent du navire. Le premier, les colons en abattent trois, et elle revient, le deuxième atterrit sur la plage et les six pirates restants sur sa peau dans la forêt. Les canons sont brûlés par le navire et il s'approche encore plus du rivage. Il semble que rien n'a le pouvoir de sauver une poignée de colons. Soudain, une énorme vague déferle sous le navire et elle coule. Tous les pirates y meurent. Comme il s'avère plus tard, le navire a été détruit par une mine, et cet événement convainc finalement les habitants de l'île qu'ils ne sont pas seuls ici.

Dans un premier temps, ils ne vont pas exterminer les pirates, voulant leur donner la possibilité de mener une vie paisible. Mais il s'avère que les voleurs n'en sont pas capables. Ils commencent à voler et à brûler les maisons des colons. Ayrton se rend au corail pour visiter les animaux. Les pirates l'attrapent et l'emmènent dans une grotte, où ils veulent le torturer pour accepter d'aller à leurs côtés avec la torture. Ayrton n'abandonne pas. Ses amis vont à son aide, mais sont gravement blessés dans le corail de Harbert, et ses amis restent en lui, incapables de retourner avec le jeune homme qui était en train de mourir. Après quelques jours, ils partent toujours pour le Palais de Granit. À la suite de la transition, Harbert commence une fièvre maligne, il est à mort. Une fois de plus, la providence intervient dans leur vie et la main de leur bon ami mystérieux leur jette les médicaments nécessaires. Harbert se remet complètement. Les colons ont l'intention de porter le dernier coup aux pirates. Ils vont au corail, où ils ont l'intention de les trouver, mais ils trouvent Ayrton, qui est épuisé et à peine vivant, et à proximité, les cadavres de voleurs. Ayrton rapporte qu'il ne sait pas comment il s'est retrouvé dans le corail, qui l'a ramené de la grotte et tué les pirates. Cependant, il rapporte une triste nouvelle. Il y a une semaine, les bandits sont partis en mer, mais, ne sachant pas comment contrôler le bot, ils l'ont cassé sur les récifs côtiers. Le voyage à Tabor doit être reporté jusqu'à la construction d'un nouveau véhicule. Au cours des sept prochains mois, l'étranger mystérieux ne se fait pas sentir. Pendant ce temps, un volcan se réveille sur l'île, que les colons pensaient déjà mort. Ils construisent un nouveau grand navire qui, si nécessaire, pourrait les livrer sur des terres habitées.

Un soir, déjà prêts à se coucher, les habitants du Palais de Granit entendent une cloche. Le télégraphe qu'ils ont passé du corail à leur domicile fonctionne. Ils sont appelés d'urgence dans le corail. Là, ils trouvent une note leur demandant d'aller le long du fil supplémentaire. Le câble les mène à une immense grotte où, à leur grand étonnement, ils voient un sous-marin. Ils y font la connaissance de son maître et de son patron, le capitaine Nemo, le prince indien Dakkar, qui s'est battu pour l'indépendance de sa patrie toute sa vie. Lui, déjà un homme de soixante ans qui a enterré tous ses associés, est sur le point de mourir. Nemo donne à de nouveaux amis un cercueil avec des bijoux et avertit que lorsque le volcan éclatera, l'île (telle est sa structure) explosera. Il meurt, les colons remontent les écoutilles du bateau et l'abaissent sous l'eau, et ils construisent inlassablement le nouveau navire toute la journée. Cependant, ils n'ont pas le temps de le terminer. Toute vie périt lors de l'explosion de l'île dont il ne reste qu'un petit récif dans l'océan. Les colons, qui ont passé la nuit dans une tente sur la plage, sont jetés dans la mer par une vague d'air. Tous, à l'exception de Jupe, restent en vie. Depuis plus de dix jours, ils sont assis sur le récif, mourant presque de faim et n'espérant plus rien. Soudain, ils voient un navire. Voici Duncan. Il sauve tout le monde. Comme il s'est avéré plus tard, le capitaine Nemo, alors que le bot était encore intact, a flotté dessus pour Tabor et a laissé une note aux sauveteurs.

De retour en Amérique pour les bijoux offerts par le capitaine Nemo, des amis achètent un grand terrain et y vivent de la même manière qu'ils vivaient sur l'île Lincoln.