Les événements de la pièce ont lieu en Égypte, dans la ville d'Alexandrie, à la fin du règne de la dynastie XIII, en 48 av. Les légions de César entrent en Égypte. La ville est en panique. La reine Cléopâtre, une fille de seize ans, a disparu. Ils ne la trouvent nulle part.
A ce moment, Jules César, seul, dans le désert passe devant une petite copie du Sphinx et voit Cléopâtre dormir sur la poitrine d'une statue de pierre. Elle se réveille, dit qu'elle est la reine d'Egypte, et invite César, qu'elle appelle le "vieil homme", à monter en elle et à se cacher aussi des Romains. Cléopâtre en a terriblement peur. César admet qu'il est romain et dit que si une fille fait tout ce qu'il dit, César ne l'offensera pas. Cléopâtre promet de devenir son esclave et de lui obéir en tout. Puis ils furtivement leur chemin à travers le désert dans le palais.
Cléopâtre est extrêmement timide dans le palais. Elle a peur de donner des ordres à l'esclave, tremble devant sa nounou Ftatatita. César lui apprend à se comporter royalement, à se commander et à se forcer à obéir. Cléopâtre prend un avant-goût et rêve déjà de la façon dont elle «nourrira» ses esclaves de poison et les jettera sur le Nil pour être déchirée en morceaux par les crocodiles. César lui demande de ne pas se laisser emporter. Cependant, elle a toujours très peur de César. Lorsque des soldats romains entrent dans le palais, saluant la personne à côté d'elle avec les mots: "Gloire à César!", Cléopâtre obtient soudainement leur point, et avec soulagement, sanglotant, tombe dans ses bras.
Le tsar Ptolémée Dionysos (garçon de dix ans, frère de Cléopâtre et son rival) et son tuteur Potin entrent dans la salle basse du palais. Ils sont accompagnés de Théodote, le mentor du roi, Achille, son chef militaire et des courtisans. Ptolémée, à l'invite de Potin, tente d'exprimer son mécontentement face à l'invasion de César et au comportement de Cléopâtre. César entre dans la pièce, accompagné de l'officier romain Ruthius et de son secrétaire, le Britannique, un Britannique de nationalité, vêtu de bleu. César n'est pas enclin à verser du sang en Égypte, mais il exige qu'il soit payé une partie du montant que l'Égypte devrait donner à Rome selon l'ancien accord entre César et l'ancien roi d'Égypte pour le fait que César a déjà aidé à restaurer le trône. Cléopâtre, qui a décidé d'agir comme une reine, accourt vers son frère, le tire du trône et s'assoit à sa place. César, touché par le chagrin du garçon, le calme doucement.
Les courtisans égyptiens et les chefs militaires exigent que César quitte leurs terres, mais il répond qu'il ne le fera qu'après que Cléopâtre deviendra reine. Il permet à tous les Égyptiens de se retirer, à la grande indignation de ses associés, et avertit qu'il ne pourra pas retenir Ruth et ses soldats pendant longtemps, et ceux désireux d'arracher des épées de leur fourreau. Potin déplore amèrement la justice romaine, le manque de gratitude des Romains. César est perdu. Il ne comprend pas ce qui est en jeu. Puis Potin demande à Lucius Septimius de partir, qui dit qu'il a tué le républicain Pompey, qui voulait vaincre César. César s'étonne, il est horrifié par le crime de Lucius Septimius.
Les Egyptiens partent. César reste avec Cléopâtre, qui lui reproche une sensibilité excessive. Elle lui explique également comment son père a réussi à regagner le trône. Et il a été aidé par un beau jeune homme qui est arrivé de Rome avec de nombreux cavaliers. Alors Cléopâtre n'avait que douze ans, elle est tombée amoureuse de ce jeune homme. Elle est très surprise quand César nous dit que c'est lui qui a envoyé Mark Anthony pour aider son père. César lui promet que si elle le désire, il lui le fera parvenir.
César ordonne à Ruthius de brûler plusieurs navires romains qui se trouvent dans le port occidental, et de prendre lui-même tous les bateaux qui se trouvent dans le port oriental et de capturer Faros, une île avec un phare. Potin vient à César et va lui exprimer les exigences des Égyptiens. Cette fois, César le capture. Puis Théodote entre en courant et, dans une excitation extrême, rapporte que le feu des navires romains s'est propagé à la bibliothèque d'Alexandrie, le saint des saints de la civilisation égyptienne. César lui conseille d'appeler à l'aide pour éteindre le feu d'Achille et de son armée. (Il prévoit donc de détourner l'attention d'Achille de la capture de l'île de Pharos par les Romains.) César enfile son armure et part prendre part à la capture de Faros. Cléopâtre le prie de faire attention.
Après le départ de César sur le talus, où se tiennent les gardes romains, Apollodore, un Sicilien, patricien, amateur d'art apparaît. Il apporte des tapis persans au palais, voulant que Cléopâtre en choisisse certains. La reine elle-même sort du palais. Elle veut immédiatement monter dans un bateau et naviguer vers César. Cependant, le gardien ne lui permet pas de faire cela. Ceci est contraire à l'ordre de César. Cléopâtre demande alors à Apollodore en bateau de lui livrer un beau tapis persan en cadeau et d'obtenir la permission pour elle de naviguer jusqu'à l'île pour lui. Elle court chercher un tapis. Bientôt, les porteurs portent un cadeau du palais, le mettent sur un bateau et Apollodore part de la côte. Lorsque le bateau est déjà loin du gardien, Ftatitita l'informe sarcastiquement qu'il a raté Cléopâtre, car elle est néanmoins montée dans le bateau, enveloppée dans un tapis.
Un bateau navigue vers l'île. À ce moment, quelqu'un jette un sac lourd dans l'eau, le nez du bateau se casse et il coule. Apollodorus parvient à peine à sortir le tapis de l'eau. Tandis que César, les Britanniques et Rufius observaient avec enthousiasme Apollodore et son fardeau, les Égyptiens ont atterri sur le rivage. Les Romains et Cléopâtre ne peuvent que nager. César nage en portant Cléopâtre sur le dos. Bientôt, un bateau s'approche d'eux et ils se déplacent à bord.
Les événements suivants se déroulent en 47 mars, soit six mois après les événements initiaux. Potin, toujours détenue par César et vivant dans le palais, cherche une audience avec Cléopâtre et pendant ce temps, elle se comporte avec soumission et respect, essaie parfois de mettre en place la reine contre César, mais Cléopâtre le chasse. Il va à César et a hâte de le restaurer contre Cléopâtre, mais n'a pas le temps de le faire, car la reine elle-même entre, va dîner avec César, Apollodore et Ruthius. César demande à Potin de dire ce qu'il voulait dire, ou de partir, car il lui donnera la liberté. Potin, après une certaine confusion, commence à lui inspirer que Cléopâtre veut régner seule sur l'Égypte et de tout son cœur attend son départ. Cléopâtre affirme avec indignation que c'est un mensonge. César, cependant, constate que même s'il en était ainsi, ce serait tout à fait naturel. Il demande à Potin de partir et répète qu'il est libre. Cléopâtre bouillonne de colère et ordonne tranquillement à Ftatite de tuer Potin avant qu'il ne quitte le palais. Au déjeuner, tout le monde entend soudain un cri et le bruit d'un corps qui tombe. Lucius Septimius entre et informe César que Potin a été tué et que la ville est devenue folle parce que Potin était un favori des citadins. Cléopâtre avoue qu'elle a ordonné de tuer Potin pour sa calomnie. Rufius et Apollodorus approuvent son acte. Cependant, César dit que maintenant il ne sera pas en mesure de protéger la vie de la reine des Egyptiens en colère. Lucius Septimius le rassure. Il rapporte que des renforts sont arrivés sur les Romains - l'armée de Mithridate de Pergame. César va à la rencontre de Mithridate. Avant de partir, Ruthius poignarde tranquillement Ftatatita comme une tigresse sauvage qui peut attaquer à tout moment, comme il l'explique plus tard à César. Il l'approuve. Les troupes romaines écrasent les Égyptiens, le roi Ptolémée se noie dans la rivière et Cléopâtre devient le souverain souverain.
César se prépare à naviguer vers Rome. Avant de quitter l'Égypte, il quitte Rufius comme gouverneur. À Cléopâtre, il réitère sa promesse d'envoyer Mark Anthony.